En el artículo de decadencia de MySQL que escribí hace casi 2 años, comenzaba a anticipar lo que el tiempo nos ha ido confirmando, y es que MySQL parece un producto estancado a raiz de la compra primero por parte de Sun, y sobre todo posteriormente por parte de Oracle.
En el lado opuesto, MariaDB ha continuado evolucionando, haciéndose con gran parte de las contribuciones de código abierto en otros forks de MySQL, entre los que se cuentan los de Percona.
MariaDB es casi 100% compatible con MySQL, y es que dentro del proceso de desarrollo, mensualmente de integran los cambios de MySQL oficial en la base de código de MariaDB, de modo que es realmente sencillo comparar uno con otro, y había llegado el momento de hacerlo.
En mis pruebas, comparando MySQL 5.5.24 contra MariaDB 5.5.23 sobre Win64, los resultados son variados, desde una reducción del rendimiento del 1% o 2% en algunos casos, hasta mejoras del orden del 400% en otros, estando el punto medio podríamos decir que entorno al 30% o 40% de mejora. Esto se debe al esfuerzo que han puesto los desarrolladores en la mejora del optimizador, que se nota en consultas complicas, con subquieres o donde entran en juego joins con varias tablas.
Adicionalmente por defecto opera con el motor de Aria, es decir que aunque puede manejar MyISAM normalmente, las tablas de sistema, y las temporales que se crean para ordenar, agrupar, etc, usan el nuevo motor, que generalmente tiene menos sobrecarga. En todo caso AriaDB no planea de momento sustituir a MyISAM, y es que aunque soporte transacciones atómicas, y otras características, es más complejo, y demuestra ser ventajoso en entornos que necesiten transacciones.
Por contra XtraDB es una derivación de InnoDB, que a pesar de haber recibido bastantes actualizaciones en MySQL 5.6, es en general más eficiente, y en este caso si que sería un sustituto natural.
Como decía, las mejoras de rendimiento son bastante dispares, por lo que te recomiendo que antes evalúes la migración de MySQL a MariaDB por tu cuenta. Lo que si es cierto de momento, es que el grado de evolución de MariaDB está siendo más rápido que el de MySQL, por lo que como inversión de futuro, parece una apuesta más sensata.