Una de las cosas que más me gusta de UNIX es que toda su gestión se puede realizar directamente desde la consola de comandos. Parece mentira que después de tantos años usando Windows, no hubiera descubierto hasta fecha muy reciente, que en el entorno de Microsoft esto también es posible.
En especial la gestión de permisos, y de propietario NTFS, son bastante tediosas usando el entorno gráfico. Ya sabéis como funciona esto, cualquier error que se produce en un archivo, implica que debas responder Continuar o Cancelar de manera interactiva, así que nos podemos pasar la vida haciendo clic en ese dichoso botón.
Resulta ser que igual que en Linux, cambiamos el propietario con chown, en Windows tenemos TAKEOWN, y para los permisos con los que usamos chmod y chgrp, en Windows tenemos ICACLS (antes (CACLS), lo que ellos llaman Discretionary Access Control Lists (DACLS).
Así, para tomar propiedad de todo el disco C: con el usuario actual, sin preguntas, podemos usar:
TAKEOWN /F C:\ /R /D s
Para darnos permisos de control total (full) sobre el mismo disco C: completo, tendríamos algo como:
ICACLS C:\ /T /Q /C /GRANT Administrador:(OI)(CI)F
En el Technet, tienes toda la documentación relativa a ICACLS, y TAKEOWN, incluyendo bastantes ejemplos.